A partir del nivel de consejo 12, podrás jugar una misión maestra en cada ronda del desafío. Se trata de una misión de mayor dificultad (+6) que te permitirá omitir toda la ronda. El número de estrellas que consigas en la misión maestra se aplicarán a todas las misiones de esa ronda (p. ej., si puntúas 3 estrellas, conseguirás 18 estrellas para la ronda).
El mapa de la misión maestra empezará con el primer mapa del desafío, y rotará al siguiente con cada ronda que pase.
Nota: la misión maestra costará el doble de combustible que una misión de desafío normal. Es más: la misión maestra se puede volver a jugar y también puedes volver a las misiones normales para, por ejemplo, obtener una puntuación más alta en alguna de ellas.